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在shell中，访问文件目录（文件夹）以及文件是很简单的，所以我们可以使用正则表达式，再加上for循环轻松的对某个文件夹下的通配格式文件进行处理，比如说是当前文件夹下的fq格式文件进行trim_galore或者是fastp，

比如说是格式如下：
 

for each_fq in *.fq;doyour_command_in_linuxdone

那么在python中，如果我们也想要做同样的事情以及任务，我们应该怎么做？

举个非常简单的例子，比如说我想要获取Q1文件夹下的所有txt文件，进行统一的处理，我该如何将文件路径收集到1个比如说是list列表中？

1，法1：使用glob模块        

import glob
Q1_dir = "/data1/project/omics_final/Q1"
txt_files = glob.glob(f"{Q1_dir}/*.txt")
print(txt_files)

效果如下：

然后再接着我们就可以使用简单的for循环，在对应的list迭代器中进行循环处理每一个变量文件了；

for txt_file in txt_files:print(f"处理文件: {txt_file}")try:your_python_code_hereexcept Exception as e:error 处理

2，法2：使用pathlib模块

from pathlib import PathQ1_dir = Path("/data1/project/omics_final/Q1")txt_files = list(Q1_dir.glob("*.txt"))print(txt_files)    for each_file in txt_files:print(f"处理文件: {each_file}")print(f"文件名: {str(each_file)}")print( each_file == str(each_file))

主要是细节上注意一下path对象和str转换：

3，法3：使用os模块

主要是使用endwith的字符串处理函数，另外listdir其实无法返回绝对路径，得配合f string，或者join函数

import osQ1_dir = "/data1/project/omics_final/Q1"all_files = os.listdir(Q1_dir)txt_files = [f for f in all_files if f.endswith('.txt')]print(txt_files)for txt_file in txt_files:print(f"{Q1_dir}/{txt_file} == {os.path.join(Q1_dir, txt_file)}")