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1. 表观遗传

表观遗传信息很多为化学修饰,包括 DNA 甲基化以及组蛋白修饰,即DNA或蛋白可以通过化学修饰添加附加信息。

DNA位于染色质(可视为微环境)中,并不是裸露的,因此DNA分子研究需要跟所处环境结合起来。哺乳动物细胞基因大部分区域都是甲基化的,没有甲基化的区域通常是启动子(Promoter)和增强子(Enhancer)区域启动子区域的甲基化通常与基因表达呈负相关,即启动子区域甲基化水平高则基因表达低;相反,基因体(genebody)的甲基化水平高通常与基因高表达相关。

2. 表观遗传的特征

表观遗传有 可遗传(inheritable)和可编程(programmable)两个特征,不同于遗传学,表观遗传在可遗传-不变和可编程-可变之间达到平衡,可遗传表示表型信息可能传递给子代,重编程就是将表观遗传信息去掉。

表观遗传在有丝分裂遗传(mitotic inheritance)中普遍存在,在遗传给下一代的代际遗传(inter-generational inheritance)中偶尔发生,在第二代和第三代子代都观察到相同形状的跨代遗传(trans-generational inheritance)中较为罕见。有丝分裂遗传是目前研究最多,且最为常见的。

可遗传和可编程在发育的不同阶段发挥着不同的作用,在胚胎发育过程中,需要将全能的干细胞转变为心脏、肺、肾等组织细胞,即细胞的功能发生了改变,并且该组织细胞在增殖复制后仍然为相同组织细胞。

3. 甲基化重要的酶

DNMT1: 在DNA复制时,DNMT1可以将发生甲基化的区域加到新合成的新链上,实现DNA甲基化的拷贝。

DNMT3A 和 DNMT3B: 在哺乳动物中, 两个最重要的从头甲基化酶(De novo DNMTs),在没有甲基化的地方可以加上甲基化。

TET1、TET2和TET3: DNA 甲基化的氧化酶,可以将甲基化的 5mC 变成 5hmC、5fC、5caC,这些氧化产物又可以通过其他途径去掉,最终变成胞嘧啶C。

4. DNA甲基化

4.1 DNA甲基化导致基因沉默

早期DNA甲基化在细菌体内可用于标记自身的DNA,在对抗外来噬菌体时,通过进化出的多个限制性内切酶来识别并切割噬菌体的DNA,从而避免自身的DNA被切割。通过进化,DNA甲基化有基因沉默的功能,一般是基因的启动子区域被甲基化,启动区域被甲基化的基因大部分时间是沉默的,其机制有:

(1)阻断转录因子(TF)结合到启动子区域;
(2)招募甲基化集合蛋白(methylation binding proteins),这种蛋白可能会抑制基因表达。

沉默机制

在各种细胞中,DNA甲基化被用作基因沉默的标志,例如OCT4基因,在hESC细胞中,启动子区域没有被甲基化则OCT4表达;而当细胞分化后,启动子区域被甲基化,OCT4不再表达。如果用 Yamanaka 因子进行重编程,将其变为 iPSC(诱导的多功能干细胞)细胞后,启动子区域甲基化被去除,Oct4 又表达。

OCT4

5. 组蛋白修饰

组蛋白修饰是表观遗传学重要机制之一,组蛋白修饰是指在组蛋白的氨基酸残基上所进行的一系列化学修饰(甲基化、乙酰化、泛素化以及巴豆酰化等),从而影响下游蛋白的表达及功能,进而决定细胞的状态和功能,影响胚胎的生长和发育,是表观遗传信息的重要载体和生命活动的重要调控因子。

组蛋白修饰可标记不同的基因状态,相比 于DNA 甲基化,组蛋白修饰种类更多。

组蛋白甲基化修饰由组蛋白甲基化转移酶(Histone melthyltransferases,HMT)催化,通常发生在H3、H4 组蛋白N端赖氨酸或精氨酸残基,催化的化学修饰包括单甲基化、双甲基化和三甲基化,参与转录调控、基因组完整性维持及表观遗传模式的传递。

H3K4me3表示组蛋白H3第4位赖氨酸在甲基转移酶催化下发生三甲基化,是最重要的甲基化修饰之一,在真核生物中H3K4me3组蛋白甲基化修饰通常发生在基因的启动子附近(转录起始位点),其甲基化水平可以反应基因的转录水平。

H3K4me3 的存在可以很好地保证基因启动子区域不被甲基化,因为DNMT3A和DNMT3B两种重要的从头甲基化酶的结合因子DNMT3L无法结合到H3K4me3附近的DNA上,从而无法发挥甲基化作用。

作用示意图

如果一个基因可以转录,该基因的启动子区域通常会有 H3K4me3;genebody 会存在 H3K36me3, H3K36me3可以招募DNMT3B从头甲基化酶;在增强子区域,有 H3K4me1H3K27ac。对于表达被抑制的基因,启动子区域通常会存在 H3K9me3H3K27me3


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